Служба з управління безпекою польотів є самостійним структурним підрозділом підприємства і підпорядковується безпосередньо Генеральному директору КП «Міжнародний аеропорт Одеса».

Служба з управління безпекою польотів створена для забезпечення необхідного рівня безпеки польотів в аеропорту «Одеса» та виконання встановлених процедур нагляду за безпекою польотів у відповідності до Повітряного кодексу України, інших нормативних документів, що визначають організацію, методи та засоби щодо функціонування системи управління безпекою польотів в аеропорту.